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            論文編號 202105-214
            論文題目 基于生物信息學分析Notch3通路在胃腸道腫瘤中預后作用
            文獻類型
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            基于生物信息學分析Notch3通路在胃腸道腫瘤中預后作用

            首發時間:2021-05-27

            劉夢杰 1   

            劉夢杰(1994-),女,主要研究方向:生物學腫瘤

            翟子雨 1    華子春 1    2   

            華子春(1964-),男,博導,主要研究方向:細胞凋亡信號傳導

            • 1、南京大學生命科學學院,南京 210023
            • 2、江蘇省產業技術研究院醫藥生物技術研究所,常州 213164

            摘要:本文旨在探討Notch3通路基因在胃腸道腫瘤中預后的作用。通過Timer和GEPIA數據庫在泛癌水平探索Notch3表達模式;利用GEO數據庫中GSE31168和GSE11417芯片數據集,基于Spearman相關性分析和差異表達分析,對Notch3通路關鍵基因進行篩選;基于TCGA-STAD和TCGA-COAD數據集探索Notch3表達水平和胃癌、結腸癌患者生存的關聯;應用Notch3特征基因進行胃癌和結腸癌風險評估模型構建。結果顯示,Notch3在胃癌和結腸癌組織中表達均高于對照。胃癌Notch3表達水平和DLL1、DLL3、HEY1、HEYL、FLT4成正相關性,且Notch3、DLL1、DLL3、HEY1、HEYL、FLT4的高表達也和胃癌的預后不良呈正相關。利用結腸癌GSE11417研究表明,結腸癌Notch3表達水平和DLL1、DLL3、HEYL、FLT4成正相關性,且Notch3、DLL1、DLL3、HEYL、FLT4的高表達和結腸癌的預后不良成正相關。依據Notch3、DLL1、DLL3、HEYL、FLT4特征基因構建的胃癌和結腸癌風險評估模型在TCGA中具備預后預測價值,且結腸癌優于胃癌。該特征基因高表達提示胃腸道腫瘤不良預后,為其機制研究和預后分析提供一種新思路。

            關鍵詞: 腫瘤學; Notch3; 胃癌; 結腸癌; 生物信息學; 預后

            For information in English, please click here

            Prognostic Role of Notch3 Pathway in Gastrointestinal Cancer: A Bioinformatics Study

            LIU Mengjie 1   

            劉夢杰(1994-),女,主要研究方向:生物學腫瘤

            ZHAI Ziyu 1    HUA Zichun 1    2   

            華子春(1964-),男,博導,主要研究方向:細胞凋亡信號傳導

            • 1、School of Life Sciences, Nanjing University, Nanjing 210023
            • 2、 Institute of Pharmaceutical Biotechnology of Jiangsu Industrial Technology Research Institute, Changzhou 213164

            Abstract:Objective To explore the prognostic role of Notch3 pathway in gastrointestinal cancer. Methods The expression pattern of Notch3 was explored using the Timer and GEPIA web-tool at a pan-cancer level. Expression level of Notch3 pathway-related genes was compared between tumor and normal tissues based on GSE31168 and GSE11417 datasets. Expressional correlation among Notch3 pathway-related genes was further explored using Spearman correlation test in these two datasets. The association between Notch3 expression and prognosis of patients with gastric cancer or colon cancer was explored using genomic DNA data and clinical information from TCGA-STAD and TCGA-COAD datasets respectively. A risk assessment model based on Notch3 pathway-related genes was constructed for prognostic predicting for patients with STAD or COAD using multivariate Cox regression analysis. Results Notch3 was overexpressed in both gastric cancer and colon adenocarcinoma. Notch3 expression was positively and significantly correlated with the expression of DLL1, DLL3, HEY1, HEYL and FLT4 in STAD. Higher expression of Notch3, DLL1, DLL3, HEY1, HEYL, and FLT4 predicted poorer prognosis in STAD. Similarly, Notch3 expression was positively and significantly correlated with the expression of DLL1, DLL3, HEYL and FLT4 in COAD. Higher expression of Notch3, DLL1, DLL3, HEYL and FLT4 predicted poorer prognosis in COAD. The risk assessment model based on Notch3 pathway-related genes performed better in prognosis predicting for gastric cancer than colon cancer. Conclusions A positive correlation between Notch3 expression and the expression level of DLL1, DLL3, HEY1, HEYL, FLT4 in gastric cancer and colon cancer was demonstrated. Higher expression of Notch3-related gene signature predicted poorer prognosis in gastrointestinal cancer.

            Keywords: Oncology Notch3 Gastric cancer Colon adenocarcinoma Bioinformatics Prognosis

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            論文圖表:

            引用

            導出參考文獻

            .txt .ris .doc
            劉夢杰,翟子雨,華子春. 基于生物信息學分析Notch3通路在胃腸道腫瘤中預后作用[EB/OL]. 北京:中國科技論文在線 [2021-05-27]. http://www.c1gkrice.com/releasepaper/content/202105-214.

            No.****

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